在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差

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在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构 Calculating RMSD in VMD to measure the difference between two structures and to superimpose two structures 文/Sobereva@北京科音 First release: 2015-May-11 Last update: 2020-Feb-25 1 原理 RMSD...

GaussView观看Gaussian优化轨迹时避免结构跳变的方法

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GaussView观看Gaussian优化轨迹时避免结构跳变的方法 How to avoid structural jumps when viewing Gaussian optimization trajectories using GaussView 文/Sobereva @北京科音 2015-May-10 众所周知，用gview打开Gaussian优化任务的输出文件时，只要选了Read Intermediate...

图解电子激发的分类

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图解电子激发的分类 Illustration of classification of electronic excitations 文/Sobereva @北京科音 First release: 2015-Mar-9 Last update: 2018-Sep-8 电子垂直激发涉及许多类型。经常有人问怎么判断电荷转移激发，怎么指认激发类型等等，这个帖子就通过实例和图形进行介绍。 1 概述...

不同DFT泛函的HF成份一览

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不同DFT泛函的HF成份一览 List of HF composition of different DFT functionals 文/Sobereva @北京科音 First release: 2015-Feb-23 Last update: 2022-May-7 这里把常见的杂化泛函的HF交换成份从低到高进行排序列出。一些类型的计算直接依赖于HF成份，因此有这么个列表是比较有用的。比如，众所周知...

简谈CPU峰值性能怎么计算

简谈CPU峰值性能怎么计算 A brief discussion on how to calculate CPU peak performance 文/Sobereva @北京科音 2015-Feb-13 CPU峰值性能就是CPU运算能力满打满算最最理想情况下的性能，这只有理论意义，实际性能要以软件实测为准。有人问寡人峰值性能怎么算，这里就很简单地说两句。搞计算化学的一般只关注浮点性能，所以这里只提峰值浮点性能。 峰值浮点性能...

将双页扫描的pdf书籍转换为单页的方法

将双页扫描的pdf书籍转换为单页的方法 文/Sobereva(1) 2015-Feb-11 很多网上的电子书都是扫描的，扫描的时候往往是两页连在一起，阅读的时候很不方便，得拉动页面看完左边再看右边。如果转换为每个页面只有一页内容的话在阅读时方便得多。虽然网上也有一些文章介绍通过一些特殊工具来实现，但是笔者感觉都不方便，最后摸索出本文的办法，非常好用，只要有Acrobat就行了（但不能是Acrobat reader），不需要任何第三...

2014年下半年优秀动画音乐推荐

2014年下半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva(2) 2015-Jan-18 这是第2次写“优秀动画音乐推荐”系列文章，此系列从2014年起每半年发一次。第一次见《2014年上半年优秀动画音乐推荐》（//www.umsyar.com/244）。不管动画是否追了，所有新番的OST、OP/ED、歌曲集、角色集什么的一切衍生的音乐相关的产物笔者都是一个不落全仔细听完的，平均每天听3~4张，并...
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