Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法

注：本文已经过时，最新版本GROMACS安装方法参见《GROMACS的安装方法》（//www.umsyar.com/457） Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法 Compilation method of GROMACS 5.1.1 and 4.6.7 文/Sobereva @北京科音 Last update: 2016-Jan-25 Gromacs 5.0（5.1.1编译方法与此完全一样） 编译条...

使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数

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后记：对于计算反应速率常数，如果没有特别的要求，实际上通过《使用Shermo结合 程序方便地计算分子的各种热力学数据》（//www.umsyar.com/552）里介绍的我开发的Shermo程序计算出过渡态、反应物的自由能，求差得到自由能垒，然后代入我制作的《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》（//www.umsyar.com/310）表格中，并且利用表格里的单元格计算出隧道效应校正量，就足矣得到合理的反应速率常数。如今并没有多大必要用KiSThe...

2014年上半年优秀动画音乐推荐

2014年上半年优秀动画音乐推荐 文/Sobereva 2014-Jul-21 Sobereva对音乐的执着，或许比起动画更甚。不管动画是否追了，所有动画的OST、OP/ED、歌曲集、角色集什么的一切衍生的音乐相关的产物是一个不落全都仔细听完的，并且仔细进行筛选。 笔 者在blog上发Comiket、M3、例大祭的音乐推荐已经是数年来的传统。后来觉得，光是推荐了同人音乐，而积攒的那么多超级优秀的动画音乐如...

单路计算化学攒机配置推荐

后记：本文的配置已经过时，此文也不再更新。时下最理想的配置见《 》（//www.umsyar.com/444），其中的配置会不断更新 单路计算化学攒机配置推荐 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Jul-21 Last update: 2016-Apr-18 计算化学并非总是需要双路及以上的服务器，如今的普通PC已经足够完成很多计算了...

幻灯片：分子动力学方法和程序简介

2014年7月寡人给MD外行人十分粗浅地讲分子动力学时用的幻灯片，70p，包含一些动画。花了一天瞎做的。 下载地址（含动画）：http://pan.baidu.com/s/1kTLZQUr 注：想系统性学习分子动力学与GROMACS程序者强烈建议参加北京科音的分子动力学培训，这是最理想的学习分子动力学与GROMACS的途径，见北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_c...

乱谈计算化学领域的研究生就业问题

乱谈计算化学领域的研究生就业问题 Discussing the employment issues of graduate students in the field of computational chemistry 文/Sobereva @北京科音 2014-Jul-13 有人在思想家公社群里贴出这个博文http://mariobarbatti.wordpress.com/...

2014年7月完结动画简评

2014年7月完结动画简评 文/Sobereva(2)+(3) 2014-Jul-30 本文是笔者完整观看过的2014年7月完结的21部TV版动画的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份。所有新番笔者都看过前几话，没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者胡搞类），要么就是制作质量太差、太低俗、太粗野、内容太老套、太平庸、太莫名其妙等作品自身问题。 按照惯例还是先颁奖，颁奖的作品也都只限于我追下来的。 ...

第一届思想家公社理论与计算化学超会议的通知

第一届思想家公社理论与计算化学超会议的通知 发布日期 2014-Jun-8 思想家公社QQ群（18616395）成立于2006年3月1日，目前成员已超过1000名，主要由从事理论、计算化学的研究生、青年教师所组成。此群讨论话题以理论、计算化学为主，也同时涵盖科研工作者的各方面的日常。 鉴 于参加2014年6月13日山西太原的第十二届全国 会议的群成员较多，借这次机会，思想家公社将于此会议前一天晚上举办“第一届思想家公社理论与 计算化学超会议”。本...

将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧

将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧 Several tips for quickly loading files into the Multiwfn program 文/Sobereva @北京科音 First release: 2014-Jun-5 Last update: 2019-Sep-11 有一些 初学者在使用波函数分析程序Multiwfn (http://sober...

为什么我拒绝将Multiwfn做成全图形界面

为什么我拒绝将Multiwfn做成全图形界面？ Why do I refuse to make Multiwfn a full graphical interface program? 文/Sobereva @北京科音 2014-Jun-6 时常有一些国内的用户提议将笔者的波函数分析程序Multiwfn (//www.umsyar.com/multiwfn)做成全图形界面(GUI)的程序，本人是...

从H到Lr所有元素的全电子波函数文件

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从H到Lr所有元素的全电子波函数文件 All-electron wave function files for all elements from H to Lr 文/Sobereva @北京科音 2014-Jun-1 Multiwfn (//www.umsyar.com/multiwfn)最新版本已经内置了从H到Lr的全部径向原子密度用于生成Hirshfeld权重（免得用户自己提供原子波函数...

幻灯片：Predicting reactive sites （反应位点的预测）

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笔者(sobereva)制作的此幻灯片介绍通过波函数分析预测反应位点的各种方法。50p。下载地址//www.umsyar.com/multiwfn/res/Predicting%20reactive%20sites_EN.pdf 幻灯片里的大部分方法在笔者的《亲电取代反应中活性位点预测方法的比较》（物理化学学报, 30, 628 http://www.whxb.pku....

扫兴&难忘的2014北京草莓音乐节第三日图文游记和录像[天空爆炸+张曼玉+病毒库+张艺德]

扫兴&难忘的2014北京草莓音乐节第三日图文游记和录像 文/Sobereva(2) 2014-May-4 迷笛音乐节和草莓音乐节以前从没去过，在漫展网上早就看到有演出公告，但是也一直没怎么在意。4月30日，突然想了解一下这俩音乐节是怎么回事，于是看了很多资料。这俩音乐节的北京场都是5月1号到3号三天。最开始是被迷笛音乐节吸引了，看到有山羊皮乐队、痛仰、逃跑计划等等都很不错。而草莓音乐节则是大牌整体比较多，特...
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