适合理论、计算化学投稿的期刊及其2009年影响因子 文/Sobereva @北京科音 Last Update: 2011-Apr-14 很多其它期刊中也零零散散有一些理论、计算化学类文章，就不列出了，免得列表冗杂且缺乏重点。一些小国家影响力小的刊物也不列了，比如棒子的B KOREAN CHEM SOC。期刊名称是标准缩写，括号里面是常用简称或者全名，之后是印刷版ISSN号。 主要刊物： J CHEM PHYS(JCP) 0021-96...

注：在撰写本文后笔者还撰写了大量与ELF有关的文章，连同其它各种ELF相关资料，可以在这里访问：“ELF综述和重要文献小合集”（http://bbs.keinsci.com/thread-2100-1-1.html）本文讲授的仅仅是最初步的知识，电子定域性/离域性分析的理论知识和ELF、LOL、电子密度拉普拉斯等函数在 波函数分析与Multiwfn程序培训班（http://www.keinsci.com/WFN）里有极其全面详细的讲授，信息量比本文多一个数量级，非常欢迎对这...

VMD里通过叠加方式表现蛋白质骨架活动性的脚本 VMD script to represent the activity of protein skeleton in terms of structure superposition 文/Sobereva@北京科音 2010-May-25 透明的材质的物体越叠加越深，通过这种方法绘制轨迹中每一帧的骨架（CA原子），就容易看出不同位置的活动性，并与B因子/RMSF相互对照。 首先...

笔者注：读者不要说诸如“此文我看了，还是不收敛”、“我用了文中的方法还是不收敛”这类话，然后问我怎么解决，笔者极度反感这种说法。绝对没有哪个方法能100%保证解决SCF不收敛。本文绝对没有一条馊主意，所有Gaussian支持的真正有可能能解决SCF不收敛的做法在本文都已经全面列举了，没有任何遗漏，没有可补充的。倘若本文的做法都做了尝试还没解决，那也别指望有任何其它方法能解决。才随便试了文中一个做法，或者以不正当的方式（没有真正了解原理的基础上）瞎试几个就说没解决问题，这根本什么也...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入 Detailed explanation of the input of mixed basis sets, custom basis sets and pseudopotential basis sets in Gaussian 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-May-6 Last Update: 2019-Sep-11 Gaussian的初学者经常在混合基...

小谈几种 方法对氢分子解离过程的描述 On the description of the dissociation process of hydrogen molecules by several quantum chemistry methods 文/Sobereva @北京科音 First release:2010-Apr-18 Last update:2010-Jun-2 本文简要讨论几种常见的 方法对氢分子解离过程的描述。假设使用...

杂谈交换互斥(exchange repulsion)作用 Talking about the role of exchange repulsion 文/Sobereva @北京科音 First release: 2010-Apr-15 Last update: 2020-May-17 一般量化计算中说的交换能和能量分解中常说的交换互斥(exchange repulsion)能的本质都在于Pauli反对称原理推得的Pauli互斥原理，它使得具有相同自旋...

Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径 Link, IOp and non-standard calculation route of Gaussian 文/Sobereva @北京科音 2010-Mar-9 1. Gaussian程序的基本结构 高斯是由很多功能不同的独立可执行程序组成的，它们被称为Link，在它们之间通过临时文件来传递数据，最主要的是rwf文件，每个Link的功能在高斯手册里都有简单介绍。Lin...

由Mulliken布居和Lowdin布居再谈旋转不变性问题 Talking again rotation invariance of Mulliken population and Lowdin population 文/Sobereva @北京科音 2010-Feb-20 前言： 最近看到两篇Mayer的讨论Lowdin布居旋转不变性问题的文章Int. J. Quant. Chem, 106, 2065-2072和CPL, ...

高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法 Introduction and conversion method of Gaussian fch file and wfn wavefunction file 文/Sobereva @北京科音 2010-Feb-1 了解高斯的格式化检查点文件fch和波函数文件wfn的格式和每项的意义对编写第三方量化辅助程序是很重要的，前者蕴含的信息丰富，后者更为简明而且通用。本文将解读wfn文件的格式和读、写代码...

计算不同z位置水能形成氢键数的VMD Tcl脚本 VMD Tcl script to calculate the number of hydrogen bonds that water can form at different z positions 文/Sobereva@北京科音 2009-Nov-8 有人请我写一个计算垂直于溶液界面的即不同z值处的水能形成氢键数的脚本，下面是我的VMD Tcl脚本，或许有人也用得着。如果你不懂VMD tcl脚...

找回Windows 7中经典风格的开始菜单 文/Sobereva 2009-Nov-1 很多从windows95/98或者dos时代过来的资深老用户对于windows 7彻底去掉了经典开始菜单与我一样感到愤怒，感到工作效率严重受挫，但win7的这个设计似乎很讨好从XP时代过来的菜鸟，以至于占多数用户的这类群体对这个变化不以为然。即便这个设计对一部分用户的确更有利，但不尊重用户的选择权利是恶劣的行为。有人开发了cs menu解决这个困难，...

谈谈原子轨道朝向引起的 计算结果与经验观念的差异 On the differences between quantum chemistry calculation results and empirical concepts caused by atomic orbital orientation 文/Sobereva @北京科音 Last update: 2010-Mar-27 我曾在《谈谈5d-6d型d轨道波函数与它们在高斯中...

谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识 On the 5d and 6d type d-shell basis functions and their identification in Gaussian 文/Sobereva@北京科音 Last Update: 2011-Jul-30 在含有d轨道的体系的高斯输出文件中，有时会看到d轨道名以D 0, D+1, D-1, D+2, D-2标识，有人误以为那些轨道就是指复数型真实...

注：此文已经完全过时，新版的编译方法见《GAMESS-US的编译方法》（//www.umsyar.com/193） GAMESS-US 2009 R3版编译方法 Compilation method of GAMESS-US 2009 R3 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Oct-7 Last updated: 2010-Jan-20 操作系统：F...