gromacs决定力场参数的方式 The way of determination of forcefield parameter of GROMACS 文/sobereva @北京科音 2009-Apr-5 Q: 43a1力场中，有的键长、键角、二面角都是空白的，只有原子的信息，这种情况是不是constraint啊？ 比如这样： 51 91 &nbs...

Amber10安装方法 Installation method of Amber 10 文/Sobereva @北京科音 2009-Oct-1 这里使用虚拟机中新装的RHEL5U1-64bit系统作为例子。 编译环境: 主机：Q6600，2G，XP-SP2。虚拟机：vmware6.0.1，RHEL5U1-64bit，双核，512MB，10GB，默认分区，bash，root，intel-MKL-10.0.4....

Amber力场二面角参数的解释 Interpretation of dihedral parameters of Amber force field 文/Sobereva @北京科音 写于约2008年 在xleap中edit parm99时，进入参数修改界面，每个参数都有介绍。在二面角参数设置中，PK/IDIVF就相当于那些amber参数中nonbond项第二列参数(即Vn/2，也称...