计算化学相关的免费的在线数据库及工具

计算化学相关的免费的在线数据库及工具 Free online databases and tools related to computational chemistry 文/Sobereva @北京科音 First release: 2009-Jul-11 Last Update: 2015-Dec-2 这些是我平时收集的和计算化学/分子模拟有关的免费的在线的库和工具，既在线又免费的实用的网站是很有价值的。其中有些对计算...

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型

谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型 On the implicit solvation model and GB model in molecular simulation 文/Sobereva @北京科音 Last update: 2010-Apr-6 本文主要讨论分子模拟中隐式溶剂模型和GB模型（=Generalized Born，广义Born模型）的各个方面。 隐式水模型优势主要有下： 减少体系的粒子数从而降低计算开销。 没有溶剂摩擦效...

用VMD做太极拳动画

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用VMD做太极拳动画 Making TaiChi animation using VMD 文/Sobereva@北京科音 2009-May-25 做出来的动画：//www.umsyar.com/attach/41/VMD_Taiji.avi VMD不仅仅可以用来做研究，还可以用来娱乐，在娱乐过程中也可以学到很多使用技巧。 这里我用...

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x)

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x) Introduction to pull code of GROMACS (3.3.x+4.0.x) 文/sobereva @北京科音 2009-May-4 Gromacs 3.3.x: Pull Code有三种类型：AFM pulling,Umbrella sampling,constraint AFM是给原子一个外力，实际上是一个弹簧点在恒速远离，弹簧点拉动一组原子...

Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法

Amber与Gromacs读入碳纳米管的方法 Loading carbon nanotube into Amber and GROMACS 文/Sobereva @北京科音 2009-Mar-2 这里说一下Amber和Gromacs读入碳纳米管的方法。只说操作方法，不涉及选用力场等问题。 Amber： 碳纳米管结构比较大，而结构很有规律，一般仅有C原子。若不考虑边界问题，可以将全部电荷当成0，这种近似并不会对...

浅谈限制可用内存容量的屏障

浅谈限制可用内存容量的屏障 A brief discussion of barriers that limit available memory capacity 文/Sobereva @北京科音 2009-Feb-2 PS：有很多人有误区，甚至包括一些计算机老师，比如认为32bit平台因为2^32=4G所以认为不能使用超过4G内存，然而接受这样的观点后很多人会对为何使用4G内存在系统中只显示3.25G有所疑问。网上也...

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力

使VMD实时显示gromacs轨迹中原子的受力 Making VMD show the atomic forces in GROMACS trajectory in real time 文/Sobereva@北京科音 2009-Jan-31 显示原子受力有时很重要，但实现起来又是个麻烦事。由于这两天要用这个功能，所以写了一个VMD的tcl脚本，可以用箭头显示指定原子的受力，并且随进度条拖动实时更新，在这里做一下介绍。 VMD当前版本并...

C75音乐推荐-东方project部分

C75音乐推荐-东方project部分 文/Sobereva 2009-Jan-31 C75这次东方同人音乐CD大概有50张左右吧。几乎全都完整听了，听得很辛苦，从数目庞大的曲目中精选出了最优秀的作品，就是下面这35首，还有34首稍逊色一点点的被归进level B。总的来说这次优秀作品比较分散，也就是在各个CD中往往都有一两首优秀作品，但是不集中在某几张CD。其中最好的CD应该是hatch the new Fl∞w。也有个别CD完全无法...

C75精华音乐推荐-其它部分

C75精华音乐推荐-其它部分 文/Sobereva 2009-Jan-31 据说C75发布音乐CD共120张（我想应该比这个多吧），一部分是企业发布。我完整听了大概其中80~90张，听得极为辛苦，有很多歌曲收不收我很矛盾，往往听好几十遍才能做出决定。这次东方系列的基本上都听了，约50张左右。当然最突出的还是东方系列同人音乐。以下音乐是非东方系列音乐里面选出的比较好的，有一些整体中档偏上的扔了可惜，于是我都列入leve...

原子-残基B因子/rmsf转换小工具ba2r

原子-残基B因子/RMSF转换小工具ba2r ba2r: Atom-residue B factor/RMSF conversion tool 文/Sobereva@北京科音 文献一般都是比较残基的B因子或者RMSF，而一般算出来的都是原子的B因子或者RMSF，寡人写的这个ba2r工具就是用来将它们转换的，ba2r会输出残基号和残基B因子/RMSF两列内容，方便作图。输入的pdb不需要做任何修改，带着各种注释性的文字无妨，会自动跳过去。 ...

半经验方法的缩写和全称对照

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半经验方法的缩写和全称对照 Correspondence between abbreviations and full names of semi-empirical methods in quantum chemistry 文/Sobereva @北京科音 2008-Dec-28 ZDO=Zero Differential Overlap（非方法名，为半经验方法常用的近似） FE MO=Free-electr...

察看Gaussian全部IOp的方法

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察看Gaussian全部IOp的方法 The way to view all IOps in Gaussian 文/Sobereva @北京科音 Last update: 2010-Jul-22 虽然高斯网站上提供了IOp列表，网上也有相应的pdf版IOp查询手册，但是很多IOp在那里面都没有，甚至是常用的，比如6/7就没有，只能网上搜索。实际上这些IOp所代表的意思在link程序的.F源代码头部都有完整说明。 这里说一下在w...

Gromacs 4.0.3、4.5.5版安装方法

注：本文已经过时，最新版本GROMACS安装方法参见《GROMACS的安装方法》（//www.umsyar.com/457）。 Gromacs 4.0.3、4.5.5版安装方法 Installation method of GROMACS 4.0.3 and 4.5.5 文/Sobereva @北京科音 Last update: 2012-Jan-6 下面是gromacs...

grostat V1.3--Gromacs .gro文件分析、统计小工具

下载地址 /usr/uploads/file/20150605/20150605000929_91362.rar Gromacs .gro file analysis tool, programmed by Sobereva, Version 1.3, 2008-Oct-15 有问题请联系开发者Sobereva (sobereva@sina.com) 此程序是统计并提取Gromacs的.gro文件里指定原子的小工具，输入指定的坐...
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