GAMESS-US 2011-Aug-11版编译方法 Compilation method of GAMESS-US version 2011-Aug-11 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Oct-9 两年前笔者已经写过了GAMESS-US的2009 R3版编译方法,见//www.umsyar.com/50。由于在目前最新的2011-Aug-11版中编译过程发生了一些变化,所以重新写一遍编译方法。但这次就不...
生成富勒烯的螺旋算法简介以及使CaGe中的编号与Fowler-Manolopoulos编号相符的方法 An introduction to the spiral algorithm for generating fullerenes and a way to match the numbering in CaGe to the Fowler-Manolopoulos numbering 文/Sobereva @北京科音 2011-Oct-4 ...
PS: 由于Amber11编译时是在Linux下面一边编译一边写的,又没装中文输入法,所以就写成英文了。Amber12安装方法只是很简单地写了下。 Amber11+AmberTools1.5及CUDA版安装方法,以及Amber12安装方法 Installation method of Amber11+AmberTools1.5 and CUDA version, and that of Amber12 文/Sobereva @北京科音 ...
谈谈分子体积的计算 On the calculation of molecular volume 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Sep-20 Last update: 2022-Jan-14 我曾在网上数次看到有人问怎么算分子体积,从提问以及很多人的回答上看有不少人对这问题存在错误的认识,本文就来谈谈这个问题,既会说明基本原理,也会说明怎么具体计算。本文用到的Mult...
注1:阅读此文不要断章取义。要读就全读完,要么别读。 注2:如果你的目的纯粹是想绘制分子表面静电势填色图,此文是绝对的最佳的做法:《使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)》(//www.umsyar.com/443),而当前这篇文章就完全没必要看了。 谈谈Molekel做静电势填色等值面图的方法及误区 On the plotting electrostatic potenti...
球谐型与笛卡尔型Gaussian函数的转换关系 Transformation relationship between spherical-harmonic type and Cartesian type of Gaussian functions 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Jul-31 在笔者的《谈谈5d、6d型d壳层基函数与它们在Gaussian中的标识》...
电子的定域性与相关穴 Localization and correlation hole of electrons 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Jul-12 1 前言 在《电子定域性的图形分析》(//www.umsyar.com/63)一文中笔者曾对图形化展现电子高定域性区域的方法进行了介绍,在本文中将探讨什么是电子的定域性,并分析它与相关穴之间的关系。在进行更深入的分析之前...
Gaussian中有用的IOp一览 List of useful IOp in Gaussian 文/Sobereva @北京科音 First release: 2011-Feb-2 Last update: 2020-Nov-9 Gaussian中IOp极多,包含了控制程序运行的几乎全部信息,IOp的介绍可参考笔者的《Gaussian的Link、IOp与非标准计算路径》(//www.umsyar.com/57)。大部分重要、常...