计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角
计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角 Calculating distance and angle between two ring planes in a molecular dynamics trajectory 文/Sobereva@北京科音 2021-Mar-3 1 前言 在《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》（//www.umsyar.com/572）曾介绍了笔者做的...
我对一篇存在大量严重错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment
我对一篇存在大量错误的J.Mol.Model.期刊上的18碳环研究文章的comment My comment on a cyclo[18]carbon research article in the journal J. Mol. Model. that contains a lot of errors 文/Sobereva@北京科音 2021-Mar-1 1 前言 18碳环（cyclo[18]carbon）具有...
使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图
使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图 Using Multiwfn to plot surface distance projection map of molecules and solid surfaces 文/Sobereva@北京科音 2021-Feb-28 1 前言 不止一次在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛上有人问我下面的这种图是怎么绘制的 实际上上面这种图就...
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-27 Last update: 2022-Mar-8 1 前言 2010年提出的Noncovalent interaction (NCI)分析，也即Reduced density gradient (RDG)分析，是如今使用极为普遍的图形化考察化学...
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件 Using Multiwfn to very conveniently create input file of CP2K 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-22 Last update: 2023-Nov-7 1 前言 CP2K（https://www.cp2k.org）是速度超级快，功能又非...
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法 Simple installation method of CP2K first principle program 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-16 Last update: 2024-Jan-30 1 前言 CP2K（https://www.cp2k.org）是非常好的第一性原理程序，开源免费...
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
计算适用于OPLS-AA力场做模拟的1.2*CM5原子电荷的懒人脚本 A lazy script to calculate 1.2*CM5 atomic charges suitable for OPLS-AA force field simulation 文/Sobereva@北京科音 2021-Jan-28 根据J. Phys. Chem. B., 121, 3864 (2017)中的测试，基于OPLS-AA力场的模拟很适...
使用Multiwfn计算过渡金属的d-band center（d带中心）
使用Multiwfn计算过渡金属的d-band center（d带中心） Using Multiwfn to calculate d-band center of transition metals 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Jan-14 Last update: 2022-Jun-2 1 前言 Multiwfn具有灵活强大的绘制态密度（DOS）曲线的功...
使用Gaussian做镧系金属配合物的 计算
使用Gaussian做镧系金属配合物的 计算 Using Gaussian to perform quantum chemistry calculations for lanthanide metal complexes 文/Sobereva@北京科音 2021-Jan-13 0 前言 过渡金属配合物体系的 计算比主族体系的计算通常更复杂，因为在判断自旋多重度方面需要更多考虑，SCF收敛整体更难（d轨...
2020年下半年观看的非TV版动画简评
2020年下半年观看的非TV版动画简评 文/Sobereva 2021-Jan-1 这里对我从2020年7月1日开始截止到2020年12月31日观看的非TV版动画进行简单评论。由于这类动画不好对比和打分，我也就不给出评分了。以往的此系列文章和TV版动画评论见//www.umsyar.com右方的“动画评论”分类。 碧蓝幻想 第二季 EX2 长度：23m45s 这个EX2属于恶搞内容，分为两部分。第一部分是葛兰一行人去某...
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱 Calculating absorption spectrum of a molecule in crystal environment based on background charges 文/Sobereva@北京科音 2020-Dec-23 1 前言 用Gaussian、ORCA等主流 程序计算分子在真空中、在溶剂环境中的激发态和吸收光谱是非常简单的事，参...
揭示各种新奇的碳环体系的振动特征
揭示各种新奇的碳环体系的振动特征 Revealing the vibrational characteristics of various novel carbon ring systems 文/Sobereva@北京科音 2020-Dec-21 1 前言 在2019年Science, 365, 1299中报道凝聚相下首次观测到18碳环（cyclo[18]carbon）后，几何和电子结构特征新颖奇特的碳单环类体系...
2020年10月完结动画简评
2020年10月完结动画简评 文/Sobereva 2020-Dec-20 本文是笔者完整观看过的2020年10月完结的19部全长TV版动画和6部泡面番的简评。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在http://bbs.keinsci.com/forum-68-1.html里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐怖或者过于低幼），要...
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子 A simple example of performing ab initio dynamics (AIMD) using ORCA Sobereva@北京科音 First release: 2020-Dec-13 Last update: 2021-Jul-7 1 前言 基于 方法的动力学一般称为从头算动力学（Ab initio molecu...
谈谈不同 程序计算结果的差异问题
谈谈不同 程序计算结果的差异问题 On the differences in calculation results of different quantum chemistry programs 文/Sobereva@北京科音 First release: 2020-Nov-1 Last update: 2023-Jun-18 经常有人问，为什么他用的两个不同 程序在相同级...