使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用 Performing IGMH analysis by Multiwfn to show interactions in chemical systems very clearly and intuitively 文/Sobereva@北京科音 First releas: 2022-Mar-7 Last update: 2023-Jul-1 ...
使用CP2K结合Multiwfn对周期性体系模拟UV-Vis光谱和分析电子激发态 Using CP2K combined with Multiwfn to simulate UV-Vis spectra and analyze electronic excited states for periodic systems 文/Sobereva@北京科音 First release: 2022-Feb-28 Last update:...
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 Using Sobtop to create GROMACS topology file for ferrocene super conveniently 文/Sobereva@北京科音 2022-Feb-17 0 前言 Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序,可以在主页http://soberev...
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因 On the reasons why ligand detaches during molecular dynamics simulation of protein-ligand complex 文/Sobereva@北京科音 2022-Jan-13 有不少人问怎么他做基于经典力场的蛋白质-配体复合物的分子动力学模拟的过程中配体跑出去了。鉴于这个问题被问得...
理论设计由18碳环与锂原子构成的电场可控的光学开关 Theoretical design of an electric field controllable optical switch composed of cyclo[18]carbon and a lithium atom 文/Sobereva@北京科音 2022-Jan-2 1 前言 18碳环(cyclo[18]carbon)自从2019年在凝聚相中被实验...
使用Multiwfn绘制电荷转移光谱(CTS)直观分析电子光谱内在特征 Using Multiwfn to plot charge transfer spectrum (CTS) to intuitively analyze intrinsic characteristics of electronic spectrum 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Dec-31 Last update...
谈谈质子转移、氢原子转移、氢负离子转移的关系 On the relationship between proton transfer, hydrogen atom transfer, and hydrogen anion transfer 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Dec-23 Last update: 2022-Jul-29 0 前言 质子转移、氢转移、...
令Gaussian 16中SCF未收敛到默认收敛限也能继续做后续计算的方法 A method to enable subsequent calculations to continue even if SCF in Gaussian 16 does not converge to the default convergence limit 文/Sobereva@北京科音 2021-Nov-17 注:本文内容对目前我用...
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法 The way to display atoms of different elements in different colors in VMD program 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Nov-11 Last update: 2022-Sep-16 1 前言 之前笔者写了大量的将Multiwfn与VM...
revTPSS泛函结合pcSseg-1基组是计算NMR很好的选择 The revTPSS functional combined with the pcSseg-1 basis set is a good choice for NMR calculations 文/Sobereva@北京科音 2021-Oct-24 1 前言 计算NMR化学位移是 常见而且重要的应用之一,之前笔者也写过一篇文章《谈谈如何又好...