要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题

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要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题 Make good use of cluster models and do not blindly use ONIOM to study protein-small molecule interaction problems 文/Sobereva@北京科音 2021-May-22 初学者乱用、滥用Morokuma当年提出的ONIOM方法是一个长久以来就有的问题...

2021年4月完结动画简评

2021年4月完结动画简评2021年4月完结动画简评 文/Sobereva 2021-May-19 本文是笔者观看过的2021年4月完结的22部全长TV版动画和5部泡面番（时长<=8分钟）的简评，除了《寒蝉鸣泣之时业》看了一半多弃掉外全都完整看完。注意其中多多少少有一些剧透的成份，怕被剧透又想了解哪些值得追的话就看评分就好了。所有新番笔者都看过前几话（扫番过程的粗略观感在 里的相应帖子里写了），没追的要么是笔者对其题材有抗拒（比如恐...

对Gaussian计算的IRC轨迹上每个点用PSI4做SAPT分析的辅助工具

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PS：此文介绍的工具主要是给一个外国合作者写的，所以文章写成了英文。 对Gaussian计算的IRC轨迹上每个点用PSI4做SAPT分析的辅助工具 A tool for performing SAPT analysis via PSI4 for each point on the IRC trajectory calculated by Gaussian Sobereva@北京科音 2021-May-10 1 Preface ...

利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法

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利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法 Several methods to straighten molecular structures using Gaussian or ORCA program 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-May-4 Last update: 2021-Jun-15 1 前言 有人问怎么...

比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用

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比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用 Use of uESE, a solvent model that is better than SMD for calculating solvation free energy 文/Sobereva@北京科音 2021-Apr-30 1 uESE溶剂模型简介 SMD是如今非常常用的溶剂模型，在《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》（http://soberev...

使用了Multiwfn发表的第6001~7000篇文章打包下载

截止到2021年4月13日，使用了Multiwfn波函数分析程序（//www.umsyar.com/multiwfn）发表的文章已超过7000篇，用户已遍及世界超过70个国家。下面是第6001~7000篇使用了Multiwfn程序发表的文章的全文pdf合集（其中漏了约十篇文章对应的文件，不好找了。还有个别的没下载权限，用本文本文档代替了）。 百度网盘下载地址（速度慢）：链接：https://pan.baidu.com/s/1zzqw4rnMjF68Rm4tO0t...

使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用

后记：笔者于2025年提出的amIGM方法比aNCI好太多，完全取代了aNCI，因此aNCI分析已经完全没必要再使用了，本文已经没有任何意义了！强烈建议阅读《使用amIGM方法图形化直观展现动态过程中的平均弱相互作用》（//www.umsyar.com/759）了解amIGM方法的特点以及在Multiwfn中的使用方法！ 使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用 Using Mult...

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角

计算分子动力学轨迹中两个环平面间的距离和夹角 Calculating distance and angle between two ring planes in a molecular dynamics trajectory 文/Sobereva@北京科音 2021-Mar-3 1 前言 在《全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征》（//www.umsyar.com/572）曾介绍了笔者做...

使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图

使用Multiwfn绘制分子和固体表面的距离投影图 Using Multiwfn to plot surface distance projection map of molecules and solid surfaces 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-28 Last update: 2026-Feb-8 1 前言 不止一次在...

使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用

使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-27 Last update: 2025-Nov-28 1 前言 2010年提出的Noncovalent interaction (NCI)分析，也即Reduced density gradient (RDG)分析，是如今使用极为普遍的图形化考察化...

CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法

CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法 Installation method of CP2K first principle program in Linux 文/Sobereva@北京科音 First release: 2021-Feb-16 Last update: 2026-Jan-9 1 前言 CP2K（https://www.cp2k.org）是非常优秀、功能十分强大、流行度相当高的第一性原理程序，开源免费，跑...
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