注：笔者后来又写了《使用Multiwfn通过局部电子附着能(LEAE)考察亲核反应位点、难易及弱相互作用》（//www.umsyar.com/676），其中介绍的重要的LEAE函数与ALIE有关键性的互补，非常推荐阅读！ 使用Multiwfn和VMD绘制平均局部离子化能(ALIE)着色的分子表面图（含视频演示） Using Multiwfn and VMD to plot map of molecular surface colore...
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍 Thoroughly understanding the nature of hydrogen bonds and estimating hydrogen bond strength easily and reliably: An introduction to an important research article published in JCC in the 2019 ...
使用Multiwfn对第一超极化率做双能级和三能级模型分析 Using Multiwfn to perform two-level and three-level model analyses for first hyperpolarizability 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Sep-6 Last update: 2023-Aug-11 1 前言 ...
谈谈怎么正确认识论文投稿时对图像分辨率的要求 On the correctly understanding the requirements for image resolution when submitting a paper 文/Sobereva@北京科音 2019-Aug-31 笔者在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛交流、答疑时，时常看到有人提到有关图片的分辨率的问题，一些期刊在投稿时对分辨率有明确要求。...
利用photoshop计算晶体表面孔洞面积 Using photoshop to calculate hole area on crystal surface 文/Sobereva@北京科音 2019-Aug-31 今天思想家公社QQ群里有人发了一张图片，问文献中标注的MoS2的孔洞面积是怎么算的 其实用photoshop就可以实现计算。拿上图右下角那个体系为例，我们实际上要统计的就是图...
给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件（含所有def2支持的元素） Basis set definition file in Gaussian format that adds diffuse functions to def2 series in the way of "ma-" (including all elements supported by def2) 文/Sobereva@北京科音 First ...
为什么我非常不建议购买和使用D摩3 程序 First release: 2019-Aug-26 Last update: 2023-Dec-21 提示：此文对D摩3的讨论仅限于D摩3算孤立体系（分子、团簇），D摩3算周期性体系的情况不属于本文的讨论范畴。但即便算周期性体系也是我很不推荐用D摩3的，速度远慢于免费且功能更强大、更灵活的CP2K，而且CP2K的使用并不困难，通过北京科音CP2K第一性原...
后记：此文用VMD的做法已经没有意义了，用Multiwfn来实现方便得多！仔细看《Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍》（//www.umsyar.com/610）中的介绍，特别是2.6节的例子。 让体系(跃迁)偶极矩平行于某个笛卡尔轴的方法 Method to make (transition) dipole moment of a system parallel to a certain Cartesian ax...
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生 On the judgement whether a reaction is easy to occur based on potential barrier 文/Sobereva@北京科音 2019-Aug-23 经常有人问“反应势垒小于多少反应才容易发生？”这种问题，本文就专门说一下。 1 拿什么来衡量反应快慢？ 首先要明确“势垒”或“能垒”（barrier）到...
谈谈我对计算化学代算的看法 My personal views on computational chemistry study by agent 文/Sobereva First release: 2019-Aug-20 Last update: 2024-Apr-14 时常有人在群里、论坛里，或者直接邮件问我，他要算***问题，哪里可以提供计算化学代算、哪里有靠谱的。我从2014年开始专门做过...
VMD里原子选择语句的语法和例子 Syntax and examples of atomic selection in VMD 文/Sobereva@北京科音 2019-Aug-19 1 前言 VMD（http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/）是极其强大、灵活的化学体系可视化程序，笔者之前也写过不少相关文章，见//www.umsyar.com/category/VM...
使用Multiwfn计算分子的动力学直径 Using Multiwfn to calculate dynamic diameter of molecules 文/Sobereva@北京科音 First release: 2019-Aug-19 Last update: 2024-May-4 1 相关知识&计算原理 分子直径有很多不同定义。在分子分离研究领域中经常用动力学直径（kinetic ...
使用Multiwfn考察分子轨道、NBO等轨道对密度差、福井函数的贡献 Using Multiwfn to study contribution of molecular orbital, NBO and so on to density difference and Fukui function 文/Sobereva@北京科音 2019-Aug-17 1 前言&基本知识 密度差是 研究中经常被考察的...
使用Multiwfn计算Bond length/order alternation (BLA/BOA)和考察键长、键级、键角、二面角随键序号的变化 Using Multiwfn to calculate bond length/order alternation (BLA/BOA) and study variation of bond length, bond order and angle with respect to bond index 文/...