CP2K中遇到SCF难收敛时的解决方法 Solution when SCF is difficult to converge in CP2K 文/Sobereva@北京科音 First release: 2023-May-15 Last update: 2024-Feb-22 0 前言 经常有人问CP2K中遇到SCF难收敛怎么解决,这是很家常便饭的问题。这里就基于笔者讲授的“北京科音CP...
通过 计算和Multiwfn程序预测化学物质的颜色 Predicting color of chemical substances through quantum chemistry calculations and Multiwfn program 文/Sobereva@北京科音 2023-Mar-26 1 前言 颜色无疑是化学物质极其重要的特征,理论预测化学物质的颜色对于从头设计和改良化学物...
使用Multiwfn计算分子的球形度(sphericity) Calculating sphericity of molecules using Multiwfn 文/Sobereva@北京科音 2023-Mar-21 最近有人在计算化学公社论坛发帖问有没有办法度量一个分子的“球形度”,正好笔者开发的功能全面的波函数分析程序Multiwfn有现成的功能,这里就写个小文介绍一下,并以度量正戊烷和新戊烷的球形度差异作为例子。Mu...
sobNEB:产生CP2K的NEB的插点的方便的工具 sobNEB: A convenient tool of generating interpolation points for NEB task of CP2K 文/Sobereva@北京科音 2023-Feb-28 1 介绍 CP2K有很好用的NEB功能可以得到反应路径,靠CI-NEB还可以同时得到过渡态结构,用法在北京科音CP2K第一性原理计算培训班(h...
巨幅减小Gaussian的TDDFT计算产生的fch文件的尺寸的方法 A method to greatly reduce the size of the fch file generated by TDDFT calculation of Gaussian 文/Sobereva@北京科音 2023-Feb-7 1 G16 C.01开始TDDFT的fch文件尺寸巨大的问题 Gaussian 16从C.0...
使用Multiwfn展现过剩电子(excess electron)并计算它的回转半径 Using Multiwfn to exhibit excess electrons and calculate their radius of gyration 文/Sobereva@北京科音 2023-Jan-30 1 过剩电子的展现 化学领域里的过剩电子(excess electron)通常是指定有电子比较集中地...
sobeig:计算矩阵本征值和本征矢的便捷小程序 sobeig: a convenient utility for calculating matrix eigenvalues and eigenvector 文/Sobereva@北京科音 2023-Jan-28 自己写程序求解矩阵的本征值和本征矢极其简单。但有时候需要对给定的矩阵随手求一下本征值和本征矢,一般的计算器程序又没有这个功能,往往又懒得写或来不及现写个...
使CP2K计算的振动模式可以被GaussView观看的程序:MfakeG MfakeG: A tool that enables vibration modes calculated by CP2K to be viewed with GaussView 文/Sobereva@北京科音 2023-Jan-22 GaussView在观看振动模式方面非常好用,可以方便地显示振动矢量,播放和保存振动动画,还可以沿特定的...
谈谈记录化学体系结构的mol2文件 Introduction to the mol2 format for recording chemical structures 文/Sobereva@北京科音 2022-Dec-31 1 mol2文件简介 mol2文件是计算化学领域非常常用的记录分子结构的格式,被很多程序所支持和利用。例如VMD、GaussView、Chem3D、OpenBabel、AmberTools里的...
在VMD中使用GaussView的元素着色的方法 Using GaussView element coloring scheme in VMD 文/Sobereva@北京科音 2022-Sep-16 GaussView的元素配色总体上来说不错,而且对所有元素都定义了唯一的颜色,在File - Preference - Colors - Element Colors中可以看到所有元素的颜色,如下所示 ...